Schisma lui Felicissimus şi controversa lui Novatian au prilejuit, la scurt timp după aceea, ţinerea câtorva sinoade. Atunci când, în anul 248, Ciprian a fost ales Episcop de Cartagina, exista acolo o mică tabără de nemulţumiţi, compusă din cinci preoţi, despre care el vorbeşte în cea de a patruzecea sa epistolă. Curând după începerea persecuţiei lui Decius (la începutul anului 250) opoziţia faţă de Ciprian a devenit mai violentă, din cauză că în privinţa disciplinei bisericeşti, el nu a privit mereu scrisorile de împăciuire, pe care unii dintre martirii cu insuficientă luare aminte le dăduseră către lapsi (nume dat apostaţilor din Biserica Creştină timpurie, când creştinii erau persecutaţi de autorităţile romane pentru a se lepăda de credinţă, nota trad.). El a fost acuzat de asprime exagerată împotriva celor decăzuţi, iar absenţa lui (din februarie 250 până în luna aprilie sau mai, anul 251) a servit întăririi taberei care se formase împotriva sa. Un accident a făcut ca schisma să izbucnească. Ciprian Ciprian, din izolarea în care era, a trimis doi episcopi şi doi preoţi în Cartagina, să distribuie ajutor credincioşilor sărmani (mulţi fuseseră ruinaţi de persecuţie). Diaconul Felicissimus s-a opus trimişilor lui Ciprian, poate pentru că el considera grija pentru săraci o datorie exclusivă a diaconilor şi pentru că nu ar fi tolerat însărcinaţi speciali ai episcopului pentru această treabă. Acest lucru se petrecea către finele anului 250 sau pe la începutul lui 251. Felicissimus fusese uns diacon de preotul Novatus, necunoscut lui Ciprian şi fără permisiunea sa, probabil în vremea în care se izolase. Acum, pe lângă faptul că o astfel de ungere era contrară tuturor canoanelor bisericii, Felicissimus personal nu era demn de o funcţie ecleziastică, din pricina apucăturilor lui amăgitoare şi corupte.
Ciprian, fiind avertizat de către trimişii lui, i-a excomunicat pe Felicissimus şi pe unii dintre partizanii săi, pentru nesupunerea lor; însă semnalul revoltei fusese dat, iar Felicissimus i-a avut rapid de partea sa pe cei cinci preoţi care erau vechi adversari ai lui Ciprian, cât şi pe toţi cei care îl acuzau pe episcop că este prea sever cu lapsi şi în legătură cu scrisorile martirilor. Aceştia au contribuit pentru a da opoziţiei acesteia un caracter oarecum diferit. Până atunci, opoziţia era compusă din preoţi nesupuşi; de aici încolo, tabăra scosese un strigăt de război faţă de episcop, în privinţa acelor lapsi. Astfel, nu doar lapsi, dar şi unii confesori (confessores) care avuseseră de suferit din pricina opiniei lui Ciprian faţă de libelli pacis, au început o revoltă.
Nu se cunoaşte dacă Novatus se număra printre cei cinci preoţi care au fost primii întemeietori ai taberei. Unii susţin ipoteza aceasta, alţii o resping. După ce i-a chemat zadarnic pe rebeli la supunere, Ciprian s-a întors în Cartagina, la un an după sărbătoarea Paştelui din 251; şi a scris o carte despre Lapsi, ca pregătire pentru sinodul pe care l-a întrunit curând după aceea, probabil în decursul lui mai 251. Conciliul acesta a fost compus dintr-un mare număr de episcopi, cât şi preoţi şi diaconi: el l-a excomunicat pe Felicissimus şi pe cei cinci preoţi, după ce i-a ascultat, iar în acelaşi timp a emis preceptele care trebuiau urmate în privinţa acelor lapsi, după ce a examinat amănunţit pasajele din Scriptură care tratau acest subiect. Toate decretele disparate emise pe această temă au fost culese într-o carte, care poate fi considerată ca prima carte de penitenţă care a apărut în cadrul Bisericii; dar din nefericire, ea s-a pierdut. Ciprian ne lasă să aflăm principalele reguli din cea de a cincizeci şi doua sa epistolă: anume, că de la cei rătăciţi, cum erau lapsi, nu trebuie luată orice rază de speranţă, că prin excluderea lor din sânul bisericii ei nu trebuie făcuţi să îşi piardă credinţa, căzând înapoi într-o viaţă de păgânism; că totuşi o pedeapsă îndelungată trebuie impusă asupra lor, trebuind pedepsiţi potrivit vinei lor. Este evident, continua Ciprian, că cineva poate acţiona în mod diferit faţă de cei care s-au repezit, ca să spunem aşa, către apostazie, luând spontan parte la sacrificii spurcate, pe de o parte, şi cei care au fost obligaţi să ia parte la sacrificii odioase, după ce s-au împotrivit şi au suferit cruzimi; aşijderea şi în cazul celor care au târât după dânşii, în fărădelege, pe soţiile, copiii, slugile şi prietenii lor, făcându-i părtaşi, faţă de cei care au fost singuri victime, care au adus sacrificii zeilor pentru a-şi proteja familia şi casa; că nu ar trebui să existe vreo diferenţiere între sacrificati (cei care ofereau sacrificii zeilor romani, nota trad.) şi libellatici (cei care prin mită sau alte mijloace, obţineau de la autorităţi certificate care atestau că făcuseră sacrificii pe care, în fapt, nu le făcuseră), adică între cei care chiar aduseseră ofrande zeilor şi cei care, fără a face apostazia formală, profitaseră de slăbiciunea funcţionarilor romani, obţinând false atestate; faptul că libellatici trebuiau reprimiţi neîntârziat, însă sacrificati trebuiau să se supună unei lungi pedepse, fiind reprimiţi doar când li se apropia ceasul morţii; în sfârşit, în legătură cu episcopii şi preoţii, aceştia trebuiau reprimiţi tot cu pedeapsă, însă fără a li se mai îngădui să ocupe funcţii episcopale sau preoţeşti.
Jovinus şi Maximus, doi episcopi din tabăra lui Felicissimus, care fuseseră dovediţi în prealabil în faţa a nouă episcopi că făcuseră sacrificii pentru zei şi sacrilegii abominabile, au apărut în faţa Sinodului din Cartagina. Sinodul a înnoit sentinţa care se dăduse iniţial împotriva lor; dar în spiritul acestui decret, aceştia au cutezat să se prezinte, cu câţiva dintre partizanii lor, la Sinodul cartaginez, ţinut anul următor. Ciprian şi episcopii s-au strâns în jurul lor şi au decis să trimită deciziile lor sinodale din anul 251 la Roma, papei Cornelius, pentru a obţine încuviinţarea lui privind măsurile luate împotriva oamenilor lapsi. Este necesar să înţelegem că, pe lângă acest subiect şi măsurile aferente, Biserica Romană era tulburată şi de schisma novaţiană.
Papa Corneliu a întrunit la Roma în toamnă, probabil în luna octombrie 251, un sinod de şaizeci de episcopi, fără a mai pune la socoteală preoţii şi diaconii. Sinodul a confirmat decretele de la Cartagina, şi i-a excomunicat pe Novatian şi pe ai săi partizani. Autorii care au păstrat în scris aceste fapte pentru noi sunt Ciprian şi Eusebius. Trebuie remarcat faptul că unii erudiţi ai actelor conciliului, precum şi câţiva istorici, interpretând eronat documentele originale, au transformat cele două sinoade de la Cartagina şi Roma (anul 251) în patru concilii.
Libellus Synodicus vorbeşte despre un alt conciliu, care trebuie să se fi ţinut în acelaşi an în Antiohia, tot despre subiectul novaţienilor; dar cu greu te poţi bizui pe Libellus Synodicus, când este singurul document care relatează acest fapt. Schisma novaţiană nu a putut fi extirpată de aceste sinoade. Acoliţii lui Felicissimus şi ai lui Novatian au făcut eforturi mari pentru a-şi recâştiga poziţia. Novaţienii din Cartagina chiar au reuşti să îşi pună în frunte un episcop din tabăra lor, pe nume Maximus, şi au trimis apoi multe plângeri la Roma pe subiectul pretinsei asprimi a lui Ciprian, odată ce persecuţia care ameninţa să apară a făcut ca noi măsuri să fie necesare contra acelor lapsi.
Ciprian a întrunit un nou conciliu în Cartagina, în mai anul 252, cu participarea a şaizeci şi doi de episcopi. La acest conciliu probabil că au fost discutate cele două puncte înaintate de episcopul african Fidus. Fidus s-a plâns la început că Therapius, Episcop de Bulla (lângă Hippo) l-a primit prea lesne şi prea repede în comuniune cu biserica pe preotul Victor, fără a-i impune în prealabil pedeapsa care i se cuvenea. Sinodul a declarat, evident, că acest lucru era contrar deciziilor anterioare ale conciliilor, dar că se vor abţine de această dată de la a-l blama pe episcopul Therapius, fără a declara invalidă reprimirea preotului Victor, pe care o înfăptuise.
În al doilea rând, Fidus a enunţat părerea că pruncii trebuie botezaţi, nu în primele zile de după naşterea lor, ci la opt zile după aceea; să se observe, cu privire la botezare, întârzierea prescrisă şi în cazul circumciziei. Sinodul a condamnat unanim această părere, declarând că ei nu pot în felul acesta să amâne harul conferit nou-născutului.
Următoarea treabă majoră a Sinodului a fost legată de lapsi; iar cea de a cincizeci şi patra epistolă a lui Ciprian ne oferă însemnări despre ce s-a petrecut la acest subiect. Sinodul, spune el, a decis ca, ţinând seamă de persecuţia iminentă, era necesară o reconciliere imediată cu cei care arătaseră semne de spăşire, pentru a-i pregăti pentru lupta ce avea să se ducă prin intermediul sacramentelor. Când a adresat scrisoarea sinodală către Papa Cornelius (cea de a cincizeci şi patra epistolă a lui Ciprian), Conciliul afirmă formal: „Placuit nobis, sancto Spiritu suggerente.” Ereticul Privatus, din colonia Lambesitana, probabil episcop al acelui oraş, care fusese condamnat, după cum s-a văzut, a apărut iarăşi în faţa conciliului; însă nu a fost primit. Nu i-au primit nici pe episcopii Jovinus şi Maximus, partizanii lui Felicissimus, şi i-au condamnat ca şi pe el; nici pe falsul episcop Felix, hirotonit de Privatus după ce devenise eretic, şi care îl însoţea. Aceştia s-au unit atunci cu episcopul decăzut Repostus Saturnicensis, care făcuse sacrificii în timpul persecuţiei, iar apoi l-au pus pe preotul Fortunatus ca episcop al aripii dure din Cartagina. El a fost unul dintre cei cinci adversari de la începuturi ai lui Ciprian.
La scurt timp după aceea, un alt sinod s-a întrunit la Cartagina, pentru a discuta subiectul episcopilor spanioli Martial şi Basilides. Ambii fuseseră înlăturaţi pentru vini grave, îndeosebi pentru negarea credinţei. Basilides s-a judecat singur, ca fiind nedemn de funcţia episcopală, apoi s-a declarat mulţumit că dacă, după ce-şi va fi ispăşit pedeapsa, ar putea fi reprimit în comunitatea mirenilor. Martial şi-a mărturisit şi el vina; dar după o vreme, ambii au făcut apel la Roma, iar prin înscrisuri mincinoase, au reuşit să îl păcălească pe Papa Ştefan, care a cerut ca Basilides să fie repus în episcopia sa, deşi Sabinus deja fusese ales pentru a-i fi succesor. Câţiva episcopi spanioli par să fi sprijinit pretenţiile lui Basilides şi Martial, punându-se, se pare, de partea lor; dar bisericile din Leon, Asturi şi Emerita le-au scris episcopilor africani despre aceste lucruri, trimiţând doi delegaţi, pe episcopii Sabinus şi Felix, probabil succesorii aleşi ai lui Basilides şi Martial. Felix, episcop de Saragoza, i-a susţinut printr-o scrisoare particulară. Ciprian a întrunit un conciliu compus din treizeci şi şapte de episcopi; şi deţinem o scrisoare sinodală a adunării acesteia, în cea de a şaizeci şi opta epistolă a lui Ciprian, în care depoziţia lui Martial şi Basilides este confirmată, alegerea lor ca succesori declarată legitimă şi normală, episcopii care au vorbit în favoarea celor doi episcopi înlăturaţi mai apoi – cenzuraţi, iar oamenii sunt instruiţi să intre în comuniune ecleziastică cu succesorii lor.
