Dezvoltarea grea a influenţei şi reforma originală Cehă condusă de John Huss a dus la Războaiele Husite. După ei, multe denominaţii au apărut, complicând statul şi treburile religioase în Bohemia şi Moravia. Din “Christianity in the Czech Lands” de Jan Royt.
Disputele din biserică, vânzarea dispensaţiilor, plătirea oficiilor Bisericii şi nepotismul au dat naştere criticismului printre reformatori. Ei au devenit sinceri în special după schisma papală. Scrierile reformatorului Englez John Wycliffe şi a discipolilor săi, Lallarzii, au ajuns în Bohemia, fiind citite avid de Universitatea Charles. În 1403, totuşi, universitatea a interzis scrierile lor publice sau private deoarece unele idei pe care le conţineau erau considerate eretice. Acestea includeau îndoială despre Eucharist; conceptul corpului Bisericii ca fiind făcut din cei ce erau predestinaţi pentru salvare, nu necesar clerul, nu cu papa, ci cu Hristos însuşi ca lider; respingerea existenţei purgatoriului; respingerea confesiei sacre; şi punerea sub semnul întrebării a organizaţiei ierarhice a Bisericii şi respingerea ordinelor monastice. Dispoziţia escatologică a crescut şi a ieşit la iveală pe câteva căi pe pământurile Cehe – în predicţile apocaliptice ale venirii Anticristului, în Sudul Bohemiei, prin influenţa puternică a Waldensianismului, ce a susţinut respingerea violenţei, interzicerea pedepsei cu moartea şi accentul asupra umilităţii.
În Praga, la Capela Bethlehem unde Huss a fost administrator şi predicator în 1402, problema laităţii ce putea lua comuniunea a devenit o credinţă pentru mişcarea reformatoare. Această teză, numită Ultrachism, a primit o justificare teologică de la un prieten şi coleg şcolar de-al lui Huss, Jakoubek din Stribro. Pocalul a devenit simbolul întregii mişcări reformatoare. Original, cu susţinerea Arhiepiscopului Zbynek, Huss a început să critice biserica şi clerul şi a tradus scrierile lui Wycliffe în Cehă. Atacurile sale violente au fost primite cu ostilitate în Roma, iar el a fost excomunicat în 1411 de noul papă, Ioan XXII. Trei ani mai târziu, abandonat de Zbynek şi cu discipolii săi sub interdicţie, Huss a fost invitat să-şi apere opinile în faţa Consiliului general al Bisericii din Constance. El s-a dus acolo cu o scrisoare din partea fratelui lui Vaclav, împăratul Sigismund, în care îi era promisă o audiere şi cale de trece sigură. După una dintre audieri, el a fost arestat şi după câteva interogaţii, a fost condamnat la moarte ca fiind un eretic. El a murit ars de viu pe 6 iulie 1415. Jerome din Praga, alt şcolar al mişcării reformatoare, a suferit o soartă similară, câţiva ani mai târziu.
Arderea lui Huss a dat naştere unei conflagraţii puternice în Bohemia. Nobilii din Bohemia şi Moravia au trimis o scrisoare de protest la Constance, iar în Praga, duşmanii lui Huss au fost persecutaţi. Universitatea Charles a confirmat validarea luării comuniunii şi l-a declarat pe Huss un martir sfânt. În 1419, violenţa a atins punctul culminant. Oamenii din Praga, conduşi de un Carmelit din Our Lady of the Snows, Jan Zelivsky, au aruncat consilierii din New Town din Praga pe geamurile primăriei şi au ocupat bisericile. Vaclav IV a murit la începutul revoluţiei Husite (în augist 1419).
Husiţii s-au despărţit în câteva grupări, incluzând şi un grup moderat din Praga şi Taboriţii, un grup radical ce a părăsit Praga pentru a fonda oraşul Tabor, unde au intenţionat să îndeplinească dorinţa lor pentru egalitate socială şi libertate de a confesa cuvântul lui Dumnezeu. Cererile Husiţilor din Praga şi a Taboriţilor au fost puse împreună în “Cele patru articole din Praga”: (1) Libertatea de a predica cuvântul lui Dumnezeu, (2) comuniunea în ambele moduri, (3) sărăcia clerului şi expatrierea proprietăţilor Bisericii, şi (4) pedepsirea păcatelor mortale. Taboriţii au continuat. Preoţii lor i-au învăţat pe femei şi copii să citească din Biblie, au respins veşmintele, imaginile şi muzica în biserică, şi au considerat hainele fine, dansul şi alte luxuri ca fiind păcate de moarte. Un grup mai mic de radicali, ai căror un membru de frunte era Petr Chelcicky, au respins curgerea sângelui şi au apelat la dragostea lui Hristos şi ordinul său de a nu judeca şi a nu omorâ. Chelcicky a spus că Creştinii nu ar trebui să conducă “prin lege”.
În regat, două grupări erau în mod clar evidente: cei ce luau comuniunea într-un singur mod (Catolicii) şi cei ce o luau în două moduri (Husiţii). Sectele Husite s-au unit sub faimosul războinic Husit, Jan Zizka, în războiul împotriva împăratului Sigismund şi a Catolicilor din 1419. Cea mai importantă bătălie de la Domazlice în 1431, în care trupele Catolice au fugit când au auzit cântecul armatei Husite, a dus la realizarea că nici o soluţie armată nu reuşea, astfel Husiţii au fost invitaţi la Consiliul din Basle. Acolo, Husiţii au fost reprezentaţi de Prokop Holy şi de un preot, Jan Rokycana. În 1437, înţelegerea de la Basle a fost ratificată, astfel Cehii aveau garanţia că puteau primi comuniunea în ambele feluri.
În septembrie 1448, George din Podebrady a cucerit Praga, iar în 1452 a fost ales ca administrator al pământului. În 1451, Aeneas Silvius Piccolomini, mai târziu Papa Pius II, a vizitat Praga. În cartea sa “History of Bohemia”, el a ridicat în slăvi nivelul de educaţie a oamenilor din ţară, sugerând că “în Bohemia fiecare femeie bătrână ştia scripturile sfinte mai bine decât unii prelaţi de la Roma.” Adepţii la ultrachism au trimis o misiune la Constantinopol în 1452 pentru a propune uniunea Ultrachiştilor cu Ortodocşii, cu toate că acest lucru nu s-a întâmplat niciodată.
În anul 1457 la Kunvald u Zamberka, Frăţia Cehă sau Unitatea Fraţilor a fost fondată. Progenitorul lor spiritual era Petr Chelcicky, iar fundaţia era conectată cu declinul progresiv al grupării Ultrachiste. Inima acestei biserici Protestante reformate în plină ascensiune, era compusă de Fratele Rehor şi prietenii săi. În 1467, la prima adunare în satul Lhota u Rychnove, separare Frăţiei de Biserica Catolică a fost completată. Episcopia Waldesiană, şi-au consacrat primul Episcop, Stepan, dând noii credinţe succesiune apostolică. Învăţătura de bază a Frăţiei era autoritatea scripturilor bazată pe confesarea credinţei ce era influenţată de anumite elemente din învăţăturile lui Martin Luther. Dezvoltarea tipăririi a ajutat ca Biblia să ajungă la populaţie; în anul 1475, Noul Testament a fost publicat pentru prima dată în Cehia, iar în 1488, întreaga Biblie a apărut în Cehia. În 1579, Frăţia Cehă a început să publice traduceri ale bibliei în cehă, deasemenea numite şi Biblia Kralice.
În anul 1526, Ferdinand I al Hapsburgilor a fost ales rege în Bohemia, iar din acea zi până în 1918, cu mici întreruperi, casa Hapsburgilor a condus Pământurile Cehiei. La începutul domniei sale, Ferdinand a acţionat spre Ultrachişti cu răbdare. Întărirea sa asupra puterii centrale a stârnit o revoltă în anul 1547 printre nobilitate şi oraşe. La scurt timp după ce situaţia a revenit la normal, Ferdinand a eliberat un mandat împotriva Frăţiei Cehe, ce a închis congregaţiile Frăţiei şi i-a izgonit din ţară. Unii dintre acei Fraţi ce au rezistat, au plătit cu vieţile lor.
Din anul 1545 până în 1563, Consiliul din Trent a reafirmat doctrinele Bisericii Catolice, cu scopul de a readuce predominanţa Catolică în Europa şi în curând în Bohemia. Înţelegerea de la Basle a căzut, iar mulţi Ultrachişti au adoptat învăţăturile lui Luther ca succesor al lui Huss, producând un trend numit Noul Ultrachism. În ciuda persecutărilor, Frăţia Cehă şi-a menţinut centrele în ţară, mai întâi la Litomysl, iar apoi la Mlada Boleslav. Printre membrii Frăţiei Cehe, în care elementele teologice ale Calvinismului au început să domine a doua parte a secolului şaisprezece, figuri importante ca Jan Blahoslav şi Jan Augusta erau active. La sfârşitul celui de-al şaisprezecelea secol, mai mult de 85 la sută din populaţie era formată din membrii ai Vechiului sau Noului Ultrachism. În anul 1555, Protestanţii Germani şi Catolici au semnat Pacea de la Ausburg, bazată pe nefericitul principiu al cuis regio, eius religio (al cui e regatul, a lui religia). Acest lucru a însemnat că oamenii trebuie să adopte aceeaşi religie ca liderul. Ferdinand, un Catolic devotat, a început să împlementeze acest principiu în Bohemia, punând în funcţii lideri Catolici importanţi.
Venirea Ordinului Societăţii lui Isus, sau Iezuiţii, a influenţat mult renaşterea Catolicismului în ţară încă din 1556. Iezuiţii s-au axat mai întâi pe educaţie, iar elevii lor din următoarele generaţii au devenit apărătoru au credinţei Catolice. În anul 1561, un nou episcop al oraşului Praga, Antonin Brus din Mohelnice, a fost din nou ales. Dreptul de a alege un arhiepiscop era transferat de la papalitate la regele din Bohemia. Arhiepiscopii din Praga au locuit într-un palat în umbra castelului de la Praga. În anul 1564, noul arhiepiscop a declarat un program de renaştere Catolică, în ţară. Trei ani mai târziu, înţelegerea de la Basle a fost ştearsă din înregistrările statului. Conduşi în defensivă, Moşiile Cehe, multe din ele fiind Ultrachiste, au cerut Împăratului Maximilian să permită Confesarea Augsburg, confesarea Lutherană a credinţei, în ţara Cehiei. Această cere a fost respinsă. În anul 1575, reprezentanţă ai Lutheranilor, Noul Ultrachism şi Frăţiei Cehe, s-au înţeles asupra “Confesiei Cehe” (O declaraţie compromisă a credinţei), însă până şi pe aceasta, împăratul nu a semnat-o.
Aceste dispute au încetat în perioada 1576-1612, pe vremea conducerii lui Rudolph II, un iubitor de artă. Sub conducerea sa, o grupare de Catolici radicali, legaţi strâns de curtea Spaniolă, s-au ridicat la putere. În anul 1584, nuncio papal Giovanni Francesco Bonhomini a prezentat un program de re-catolizare regelui; Rudolph nu l-a implementat. Dar totuşi, el a poruncit închiderea congregaţiilor Frăţiei Cehe. Prima luptă serioasă a fost în anul 1609 când moşiile protestante, sub conducerea lui Vaclav Budovec din Budov, au ales directori dintre oamenii lor şi au început să strângă armată. De teamă, împăratul a semnat un o petiţie imperială prin care permitea Confesia Cehă şi ocuparea Consistoriului de Jos. Aceasta a permis până şi sclavilor din Bohemia să-şi aleagă o credinţă diferită de cea a stăpânului lor.
