James Arminius s-a născut în Oudewater, un oraş mic de lângă Utrecht în Olanda, în anul 1560. Părinţii lui erau peroane respectabile din clasa mijlocie, tatăl lui fiind un meşteşugar iscusit, de meserie fierar (facea cutite). Numele lui de familie era Herman, sau, după unii, Harmen. După cum era obişnuinţa cu oamenii învăţaţi din acea perioadă, care ori îşi latinizau numele, ori le înlocuiau cu nume latine care să fie apropiate ca sunet sau semnificaţie, el a ales numele celebrului conducător german din prima parte a primului secol. Când Arminius era încă un copil, tatăl lui a murit, iar el, împreună cu un frate şi o soră au fost lăsaţi în grija mamei lui văduve. Theodore Aemilius, un funcţionar, distins pentru pietatea şi învăţătura lui, care locuia atunci în Utrecht, şi care a cunoscut situaţia familiei, s-a însărcinat cu educaţia copilului. Cu acest om excelent, Arminius a locuit până la vârsta de 15 ani, când moartea l-a răpit pe susţinătorul lui. În această perioadă el a arătat că avea înzestrări ieşite din comun şi a fost învăţat elemente din ştiinţă, şi în mod deosebit, cunoştinţe de limba greacă şi latină. A fost călăuzit să se dedice în slujba Domnului şi a devenit, deşi era atât de tânăr, un exemplu de credinţă. În acest timp, Rudolph Snellius, născut în Oudewater, locuia la Marpurg în Hessia, unde se retrăsese din cauza tiraniei Spaniarzilor şi era cunoscut pentru învăţăturile lui, mai ales în matematică şi limbi, a vizitat locurile lui natale. Cunoscând şi devenind interesat de concetăţeanul lui, L-a invitat să meargă la Marpurg sub călăuzirea sa. Arminius l-a însoţit acolo, şi era implicat în studiile lui la Universitate numai de puţin timp, când dureroasa veste că oraşul lui natal fusese distrus de armata spaniolă, l-a ajuns. S-a întors în Olanda şi temerile lui cele mai mari s-au adeverit, anume că mama, fratele şi sora lui erau printre victimele măcelului, ce a urmat capturării oraşului. S-a retras trist la Marpurg, parcurgând toată călătoria pe jos.
În timpul aceluiaşi an, 1575, noua Universitate olandeză din Leyden s-a format, sub auspiciile lui William I, Prinţ de Orania. Cum a aflat că instituţia s-a deschis pentru a admite studenţi, Arminius s-a pregătit imediat să se întoarcă în Olanda şi în curând a intrat ca student la Leyden. A rămas acolo şase ani, ocupând cea mai înaltă poziţie în estimările profesorilor săi şi colegilor studenţi. La terminarea acestei perioade, în cel de-al 22lea an al său, a fost recomandat autorităţilor municipale din Amsterdam ca un tânăr care promite să aibă un viitor folositor şi ca meritând în mod deosebit susţinerea lor. Ei au luat în primire imediat cheltuielile pentru completarea studiilor lui academice, în timp ce Arminius, pe de altă parte, le-a dat un angajament scris, prin care se angaja să-şi dedice restul vieţii, după ce va fi admis în ordinul sfânt, în slujba bisericii din acel oraş şi să nu se angajeze în nici o altă muncă şi în nici u8n alt loc, fără permisiunea specială a conducătorilor oraşului.
A plecat imediat la Geneva, Fiind atras acolo de reputaţia celebrului Beza, care ţinea prelegeri la acea Universitate. A rămas acolo o perioadă scurtă, deoarece a ofensat unul din profesori, apărându-l pe Ramus şi sistemul lui dialectic, în opoziţie cu cel al lui Aristotel. S-a înapoiat la universitatea din Basle şi a locuit acolo un an, parte din care a ţinut prelegeri pe teme teologice, în afara cursului normal al colegiului, după cum era obiceiul pentru cei care încă nu absolviseră, dar care dovediseră pricepere. Prin aceste expuneri şi prin altele, el a obţinut o reputaţie, încât în ajunul plecării lui din Basle, facultatea de Teologie din acea universitate i-a dat titlul şi diploma de Doctor. El a refuzat cu modestie, motivând fapta cu tinereţea lui. Sentimentul care fusese stârnit împotriva lui la universitatea din Geneva, datorită aderării lui la filozofia lui Ramus, se stinsese considerabil, deci s-a întors la acea universitate şi a rămas trei ani, angajat în studiul teologiei. La sfârşitul perioadei, mai mulţi concetăţeni tineri, care studiau tot la Geneva, au plecat să facă un tur al Italiei, iar Arminius s-a hotărât să facă şi el o astfel de călătorie. Avea o înclinaţie specială pentru aceasta, pentru a-l auzi pe James Zabarella, distins în acea vreme ca profesor de filozofie la universitatea din Padua. A rămas un timp la Padua şi a vizitat şi Roma şi alte locuri din Italia. Acest tur a fost foarte avantajos pentru el, pentru că i-a permis ocazia de a cunoaşte „misterul nedreptăţii”, prin observare personală, şi poate aceasta explică zelul şi vigoarea cu care s-a opus ulterior multor doctrine şi presupuneri ale papalităţii. Temporar, a fost în dezavantajul său, pentru că a stârnit neplăcerea susţinătorilor săi, Senatul din Amsterdam. Această nemulţumire iniţiată, a crescut datorită eforturilor anumitor persoane rău voitoare, care înţelegeau greşit motivele lui de a vizita Italia şi conduita lui, dar a fost îndepărtată această nemulţumire prin afirmaţiile lui Arminius, la reîntoarcerea lui în Olanda, în toamna lui 1587. La începutul anului următor, după o examinare înaintea înaintaşilor din Amsterdam, a fost autorizat să predice şi la cererea autorităţilor bisericii, şi-a început lucrarea publică în acel oraş. Eforturile lui la amvon au fost primite cu multă aprobare, şi a fost chemat în unanimitate la păstoritul bisericii olandeze din Amsterdam şi a fost ordinat la 11 august 1588. În timpul anului următor au apărut unele circumstanţe care au dus la influenţarea opiniilor doctrinare ale lui Arminius şi au dus la sfârşit la adoptarea sistemului care îi poartă numele. Coornhert, un om foarte pios, unul care a adus servicii importante ţării sale şi reformei, cu riscul vieţii sale, a atacat în 1578, într-o discuţie cu doi lucrători calvinişti din Delft, într-o manieră populară şi pricepută, vederile ciudate ale lui Calvin despre predestinare, îndreptăţire şi pedepsirea ereticilor cu moartea. După aceea şi-a publicat opiniile şi a susţinut o teorie în mare parte asemănătoare cu ceea ce ulterior a fost cunoscută sub numele de Teoria Arminiană, deşi unele din expresiile sale nu erau suficient de prudente. Pamfletul lui a primit răspuns în 1589, de la lucrătorii din Delft, dar în loc să apere opinia supralapsarian a lui Calvin şi Beza, care fusese obiectul atacului lui Coornhert, ei au prezentat şi apărat opiniile de jos sau cele sublapsarian şi au atacat teoria lui Calvin şi Beza. Pamfletul lucrătorilor din Delft a fost transmis de Martin Lydius, profesor la Franeker, lui Arminius, cu cerinţa ca el să-şi apere fostul învăţător. În acelaşi timp, senatul ecleziastic din Amsterdam i-a cerut să expună şi să infirme erorile lui Coornhert. Imediat a trecut la lucru, dar cântărind clar argumentele în favoarea opiniilor supralapsarian şi sublapsarian, a fost înclinat la început să îmbrăţişeze scrisoarea în loc de a o infirma. Continuându-şi cercetările, a recurs la studiul perseverent al Scripturilor şi le-a comparat atent cu scrierile vechilor Părinţi şi cele ale teologilor de mai târziu. Rezultatul cercetărilor sale a fost adoptarea de către acesta a teoriei Predestinării, care îi poartă numele. La început, de dragul păcii, a fost foarte prudent în exprimare şi a evitat anumite referiri la subiect, dar curând, devenind sătul de faptul că acest curs era nepotrivit cu datoria lui ca învăţător declarat de religie, a început să mărturisească modest dezacordul lui cu privire la acele erori, mai ales în discursurile ocazionale despre astfel de pasaje din Scriptură, care necesitau o interpretare conformă cu opiniile lui lărgite despre structura Divină în salvarea păcătoşilor. Aceasta a devenit o practică stabilită pentru el în 1590.
Fiind mai mult de doi ani în lucrare la Amsterdam, s-a căsătorit cu o tânără cu mari realizări şi de o mare credinţă, căreia de ceva timp îi acorda atenţie. Numele ei era Elizabeth Real. Tatăl ei, Laurence Jacobson Real, era judecător şi senator în Amsterdam, nume ce este imortalizat în analele olandeze ale acelei perioade, pentru partea hotărâtoare pe care a avut-o în promovarea Reformei în Ţările de Jos, adesea în timpul tiraniei spaniole, cu riscul vieţii şi proprietăţii lui. Cu această doamnă, cu care a fost căsătorit la 16 septembrie 1590, Arminius s-a bucurat de fericire domestică neîntreruptă şi de invidiat. Copiii lor au fost şapte fii şi două fiice, toţi murind în floarea tinereţii, cu excepţia lui Laurence, care a devenit negustor în Amsterdam, şi Daniel, care a gat cea mai mare reputaţie în medicină. Următorii treisprezece ani din viaţa lui Arminius au fost petrecuţi în lucrare la Amsterdam, cu succes şi mare popularitate, mai ales pentru laici. Prezentările ocazionale ale opiniilor lui, diferite de ale lucrătorilor din jur, care aproape fără excepţie erau calvinişti, îl aduceau uneori în conflict serios cu ei. În 1591, el a expus al şaptelea capitol ale Epistolei către Romani, şi în 1593, al nouălea capitol al aceleiaşi epistole. În aceste expuneri el prezenta opiniile care erau conţinute în tratatele lui despre acele epistole, cuprinse în această ediţie a lucrărilor lui şi cu fiecare din aceste ocazii se producea o tulburare considerabilă împotriva lui. Interpretarea dată de el capitolului şapte, în particular, care este aceeaşi cu cea adoptată de o mare parte a comentatorilor moderni, inclusiv câţiva care pretind că sunt calvinişti, a fost atunci; şi adesea ulterior, în timpul vieţii lui controversată cu mult sarcasm. La sfârşitul lui 1602, moartea lui Francis Junius, profesor de teologie la Leyden, a avut loc. Atenţia custozilor universităţii a fost imediat îndreptată asupra lui Arminius, ca fiind persoana cea mai potrivită pentru a umple locul vacant. Invitaţia, care i-a fost făcută, a întâmpinat opoziţia cea mai viguroasă din partea autorităţilor din Amsterdam, la dispoziţia cărora era Arminius, după cum declarase el în tinereţe, când şi-a dedicat serviciile pe viaţă. Încuviinţarea lor în transferul lui la Leyden a fost obţinută în final, prin intervenţia specială din Uytenbogardt, a celebrului preot de la Haga, a lui N. Cromhoutius, a Curţii Supreme a Olandei şi a lui Maurice, Prinţul de Orania însuşi. Mulţi din lucrătorii ultra calvinişti au protestat violent împotriva chemării la o poziţie atât de importantă a unuia ale cărui sentimente erau atât de neortodoxe în punctele vitale, cum le numeau ei. Li s-a alăturat şi Francis Gomarus, profesor la Leyden. Acest om, în acea vreme şi în timpul vieţii lui Arminius, şi după moartea lui, a manifestat un spirit îngust şi amar, în luptele religioase care rezultau între Remonstrants şi Contra-Remonstrants.
Primind diploma de Doctor în Teologie la universitatea din Leyden, la 11 iulie 1603, el a început imediat să descarce îndatoririle de profesor de teologie. A descoperit în curând că studenţii la teologie erau implicaţi în controversele complicate şi în întrebările încurcate ale şcolarilor, mai mult decât erau devotaţi studiului Scripturilor. El s-a străduit imediat să corecteze acest rău, şi să-i recheme la Biblie, la fântâna adevărului. Aceste eforturi şi faptul că opiniile lui despre Predestinare erau inacceptabile pentru mulţi, s-au ivit ocazia şi motivul pentru a-l acuza de încercarea de a aduce inovaţii. Au fost răspândite rapoarte injurioase şi multe mijloace nelegitime au fost folosite pentru a-i strica reputaţia, în faţa guvernului şi a bisericii. Arminius a îndurat aceste atacuri cu mare calm, dar nu s-a apărat public până în 1608, când s-a justificat în trei feluri diferite: primul, o scrisoare către Hippolytus, un Collibus, ambasador al Provinciilor Unite din Palatinul elector; al doilea, o „scuză împotriva celor 31 de articole, etc.” , care deşi scrisă în 1608, nu a fost publicată până în anul următor, şi în cele din urmă, în nobila sa „Declaraţie a sentimentelor”, transmisă la 30 octombrie 1608, înaintea Statelor, într-o adunare plină, la Haga.
Imediat în anul următor, o tulburare biliară, contractată prin muncă şi studiu neîntrerupte şi o şedere continuă, la care fără îndoială s-a u adăugat neliniştea şi durerea produse în mintea lui de răutatea oponenţilor, a devenit foarte violentă, încât nu a mai putut să părăsească patul; dar timp de câteva luni, la intervale , deşi cu mare dificultate şi-a continuat prelegerile şi a participat la îndatoririle sale de profesor, până la data de 25 iulie, când a avut o dispută publică asupra „vocaţiei oamenilor la salvare”, care a fost ultima din lucrările sale în Universitate. Emoţia cauzată de unele împrejurări, legată de acea dezbatere au produs un paroxism violent al bolii lui, în urma căruia nu s-a mai refăcut niciodată. A rămas cu dureri fizice acute, dar nu s-a abătut de la obişnuita lui veselie; şi de la o totală acceptare a voii lui Dumnezeu, până în 19 octombrie 1609. În acea zi, la prânz, în cuvintele lui Bertius, „Cu ochii ridicaţi spre cer, în mijlocul rugăciunilor stăruitoare ale celor prezenţi, şi-a predat calm duhul lui Dumnezeu, în timp ce fiecare din cei de faţă a exclamat: suflete, lasă-mă să mor moartea celor neprihăniţi.”
Astfel a trăit şi astfel, la vârsta de 49 de ani a murit James Arminius, distins între oameni pentru virtutea şi bunăvoinţa caracterului particular, casnic şi social, între creştini, pentru indulgenţa lui faţă de cei care nu aveau aceleaşi opinii ca şi el; între predicatori, pentru zelul, elocvenţa şi succesul lui; şi între teologi, pentru opiniile lui puternice, dar totuşi lărgite şi înţelegătoare în teologie, îndemânarea lui în argumentare şi candoarea lui şi curtoazia în controversă. Motoul lui era „BONA CONSCIENTIA PARADISUS.” W.R.B.